Новгород был древнейшим городом Руси с высоким уровнем экономики и культуры. Он вел оживленную торговлю со странами Западной Европы. Новгородчина была крупнейшей из русских земель, не уступавшей по территории Московскому великому княжеству. Новгородские порядки в корне отличались от традиций, по которым жили остальные северорусские княжества. Князь здесь был только командующим дружиной и городом нанимался; земельных владений в Новгородчине у него не было; он не имел права держать свой двор в черте города. Городское правительство (Совет господ) было выборным и возглавлялось выборным же архиепископом. Важнейшие решения Совета утверждались на городском Вече.

Постепенное поглощение Москвой остальных княжеств, которое развернулось при Иване III, все ближе подбиралось к Господину Великому Новгороду. Великий князь требовал полного подчинения вольного города. При этом он ссылался на «старину», на летописи, в которых Новгород назывался «отчиной» Владимирских великих князей. Поэтому претензии города на независимость в Москве понимали за крамолу.

«В глазах московских книжников только монархические порядки были естественными и законными, тогда как вечевая демократия представлялась дьявольской прелестью. Решение Новгорода отстаивать свою независимость любой ценой, они постарались изобразить, как заговор бояр Борецких, нанявших «шильников» и привлекших на свою сторону чернь. Само вече, под пером московского писателя, превратилось в беззаконное скопище «злых смердов» и «безыменитых мужиков» (Руслан Скрынников)

На московское требование подчиниться город, не имевший достаточных сил для обороны, стал искать внешней опоры. Выбор, собственно, был невелик — наиболее подходящим союзником могла стать лишь Литва. Но Литва была в унии с Польшей, так что договариваться надо было с королем Казимиром. Но король был католиком, и Вече поначалу отказалось с ним сотрудничать — для обороны города князем пригласили сына киевского митрополита Михаила, двоюродного брата Ивана III.

Тем не менее, без литовских сил противостоять Москве было нереально. И Вече решило все-таки начать переговоры с польским королем. Но новый князь сделал все, чтобы эти переговоры не состоялись. Его поддерживал в этом и новый новгородский архиепископ. Разозленные новгородцы «показали путь» Михаилу — и тот со своей дружиной ушел, по дороге разграбив Старую Руссу.

Новгородцы спешно снарядили посольство в Литву и подготовили проект договора. По нему Новгород признавал власть короля, который обязывался сохранить в неприкосновенности власть Веча, православие и привилегии жителей города. Главным пунктом договора было обязательство короля со всем литовским войском оборонять Новгород от Москвы.

Но дипломатические усилия Новгорода свело на нет быстрое наступление московских ратей. По пути они для наведения ужаса на новгородцев жгли деревни, а захваченным в плен резали носы, уши и губы. Город спешно сформировал ополчение, большое по численности, но состоявшее из необученных военному делу горожан. Единственной профессиональной частью их войска был архиепископский конный полк.

Встретившись с московской ратью у реки Шелонь, новгородцы начали было ее теснить, но тут по ним ударила подоспевшая в разгар боя татарская конница подвластного Москве Касимовского ханства. Архиепископская конница не пошевелилась — и новгородцы были смяты.

Великий князь желал, чтобы новгородцы навсегда зареклись обороняться от Москвы, поэтому расправа с проигравшими была демонстративно жестокой, кровавой. На Шелони полегли 12 тысяч новгородцев, все их предводители были обезглавлены.

Новгородцы стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ настоял на мирных переговорах. Опасаясь длительной осады и литовского наступления, Иван III пошел на заключение договора, в котором Новгород еще именовался «Великим Новгородом, мужами и вольными», но назывался уже «отчиной» московского Великого князя и брал на себя обязательство  во всем быть с Москвой и не «отдаваться за короля». Жители были приведены к присяге на верность Ивану III.

Великий князь оставил в Новгороде свой суд, который действовал наряду с традиционным новгородским, и многие его жители, проигравшие свои дела в городском суде, обращались в суд княжеский. И однажды двое мелких чиновников употребили в своих челобитных на имя Великого князя формулу «государь». Московские послы тут же приехали в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.

Вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий были объявлены вне закона. Новгородский боярин, тайно перешедший на службу Ивана был тут же на Вече убит, прочие же бояре в страхе разбежались. Новгород снова стал готовиться к войне.

В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Самые решительные защитники новгородских вольностей были уже казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и Вече организовать оборону города не сумели. Архиепископ настаивал на переговорах. Но надежды на почетный мир оказались тщетными. Иван объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хоти быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем Новгороду был предъявлен ультиматум: «Вечу колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Ногородских бояр заверили, что Великий князь не будет забирать себе их земли и ссылать их из города. На том мятеж закончился — Новгород подчинился всем требованиям Москвы.

Вече в городе более не созывалось. Наиболее важные документы из архива Новгорода, а также вечевой колокол были увезены в Москву, выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская республика, просуществовавшая несколько веков, пала.