В 859 году на средства одной купеческой семьи в Фесе была основана мечеть, вскоре превратившаяся в центр духовного образования, одним из главных духовных и образовательных центров исламского мира.

Благодаря покровительству марокканских султанов университет постоянно расширялся, охватывая всё новые области знания. Изучались богословие, грамматика, риторика, логика, медицина, математика, астрономия, химия, история, география и музыка.

Из стен университета вышли учёные, философы и богословы, оказавшие большое влияние на развитие мусульманской и мировой культуры. В Аль-Карауин учился даже один будущий папа римский.

Университет Феса считается старейшим в мире постоянно действующим высшим учебным заведением.