В 1968 году молодой юрист вошел в ближайшее окружение партийного лидера Александра Дубчека и стал идеологом «Пражской весны». Он выступал за расширение свободы слова, собраний и дискуссий, демократизацию избирательного закона (выдвижение нескольких кандидатов и альтернативные выборы), развитие гражданских инициатив и самоуправленческих начал. После того, как чехословацкие реформы были насильственно пресечены интервенцией Варшавского договора, был исключен из компартии, а затем выдавлен органами безопасности из страны. В Австрийском институте международной политики Млынарж приобрёл международный авторитет как специалист-политолог, аналитик развития коммунистических режимов. После «Бархатной революции» (1990) он вернулся на родину, но идеи демократического социализма, которые всю жизнь отстаивал Млынарж, в чешском обществе оказались не востребованы и он вернулся в Австрию

«Вы творите в своей внутренней политике, – заявил Л.И. Брежнев, – все, что вам заблагорассудится, в том числе и то, что нам не нравится, и не слушаете добрых советов. А между тем вашу страну освободил советский солдат. Нам далось это ценой больших потерь, и мы не двинемся отсюда. Границы этих земель – это и наши границы… Именем павших во второй мировой войне, которые погибли и за вашу свободу, мы вправе послать к вам свои войска, чтобы чувствовать себя в наших общих границах в полной безопасности. Угрожает вам кто-то или нет – не имеет значения, это дело принципа, от внешних обстоятельств оно не зависит. Так повелось со времен второй мировой войны, и так будет на вечные времена…»

«Мировая система социализма». 1953-1984 годы