Получив военного союзника в лице Богдана Хмельницкого и его козаков, Московское царство с новой силой возобновило попытки присоединить к себе территории бывшего Древнерусского государства, чтобы титул «царь всея Руси» стал, наконец, реальностью. Союзником при этом виделась Швеция, давно уже находившаяся с Речью во враждебных отношениях (польские короли упорно претендовали также и на шведский престол).

Швеция уже завоевала некоторые территории на южном берегу Балтики и мечтала окончательно сделать это море своим «внутренним озером», чтобы полностью контролировать его оживленные торговые пути. В Швеции были очень обеспокоены московской экспансией — восточный союзник мог легко превратиться в противника. 

Попытки наладить союзнические отношения с Речью Посполитой провалились (за отказ от претензий на шведский трон король Ян Казимир потребовал огромную компенсацию), и шведы приняли решение об интервенции. Весной 1655 года ее армии вошли в Польшу.

Очень быстро шведские войска, практически не встречая сопротивления, заняли всю Польшу и оккупировали территории Великого княжества на пути также начавшей наступление московской армии. Большинство видных польских и «литовских» магнатов признали над собой власть шведского короля Карла Х Густава. Польский король проиграл решающую битву и покинул страну. Казалось, дни польско-литовского государства сочтены…

Но на пути одного из шведских отрядов оказался католический Ясногорский монастырь в Ченстохове, в котором с 15-го века хранилась чудотворная икона Богоматери, почитаемая как католиками, так и православными, главный религиозный центр Польши. Несмотря на то, что на монастырских стенах было лишь 260 защитников, настоятель принял решение обороняться. Польские солдаты в составе шведского отряда отказались штурмовать монастырь, а все приступы шведов были отбиты — и они были вынуждены снять осаду. Как оказалось, это был поворотный момент во всей войне.

Этот небольшой эпизод «разбудил» поляков, показал, что сражаться можно и нужно при любом соотношении сил, он стал для всех примером того, как надо бороться за свои святыни. В этом эпизоде была и религиозная подоплека: католический монастырь с иконой, почитаемой и православными, штурмовали еретики-протестанты — и потерпели неудачу! Не иначе, сам Бог встал на сторону поляков…

В округе заполыхало стихийное, никем не подготовленное и не ожидаемое крестьянское восстание, против шведов началась партизанская война «хлопских» отрядов. Начался отказ польских полков от данной поначалу шведам присяги. «Очнулась» и шляхта, организовавшая союз, к которому потянулись все, кто хотел сражаться. Призванный этим союзом бежавший из страны король вернулся. Он торжественно дал обет улучшить положение крестьян и мещан, как только Польша обретёт свободу и отдал страну под покровительство Божьей Матери Ченстоховской, провозгласив ее Королевой Польши.

Но положение было отчаянным — практически вся территория Польши была захвачена шведами, полякам противостояли лучшие военачальники недавно закончившейся Тридцатилетней войны, а с востока вели успешное наступление московские войска.

Однако, события на восточной границе неожиданно стали развиваться в благоприятном для Речи направлении. Великий гетман литовский протестант Радзивилл давно мечтал отделить Великое княжество от Польши («Придёт время, — паны-поляки к дверям не попадут: через окна их выбрасывать будем») и искал контактов с протестантской Швецией. Теперь, оказавшись между Московией и Швецией, гетман признал над собой шведскую власть, шведские войска стали уже занимать города Княжества. Это заставило царя Алексея Михайловича приостановить военные действия и искать против Швеции союзника — с Речью Посполитой было заключено перемирие, по которому обе стороны обязались воевать со Швецией.

Недовольный перемирием на восточном фронте, Богдан Хмельницкий повел собственную войну и, соединившись с венгерским князем, пошел в Польшу на соединение со шведами. Поначалу этим союзным войскам сопутствовала удача (они взяли Краков и Варшаву), но затем войну Швеции объявили Австрия, Дания и Священная Римская империя, и шведским войскам пришлось покинуть венгров и запорожцев и двинуться на новых противников. Их армия начала отступать на юг, запорожцы разошлись по домам, а венгерские войска попали под удар крымской орды, были окружены и захвачены в плен.

Шведы еще целый год воевали на западном фронте и даже осаждали Копенгаген, но вынуждены были отступить перед объединившимися войсками и флотами противников. А после неожиданной смерти шведского короля Карла Х Густава война была окончена (1660 год). Речь Посполитая устояла. Во владении Швеции на южном побережье Балтики остались территории современной Эстонии и части Латвии. Выбить их оттуда было уже делом российского царя Петра I.

Одним из важнейших следствий «шведского потопа» было полное сворачивание польской реформации и изгнание из страны протестантов, до того в течение полутора столетий игравших важную роль в польском просвещении и культуре.

После «кровавого потопа» шляхту охватило желание сохранить и расширить свои «золотые вольности». Ян Казимир под сильнейшим давлением «вольного дворянства» вынужден был забыть о своем обете облегчить положение низов общества, а, объявив о планах усиления королевской власти, столкнулся с открытым шляхетским восстанием. Через восемь лет после «потопа» он отрекся от трона, сказав на прощание: «Дай Бог, чтобы я не был пророком, но говорю вам: если вы не одумаетесь и не измените своих порядков, то Польша погибнет от иноземцев. Москва оторвет у нее все русские земли и Литву до самого Буга, Нарвы и даже до Вислы; Пруссия возьмет Великую Польшу и польскую Пруссию. Австрия же, видя, что другие делят между собой наше добро, бросится на Краков и сопредельные воеводства, — и каждое из соседних государств пожелает лучше владеть частью нашего хозяйства, чем иметь его всё с вашим безвластием и вашими вольностями».