Никита Минин родился в мордовской крестьянской семье в глухой деревне под Нижним Новгородом. Мать умерла, а появившаяся вскоре мачеха била его, оставляла голодным. У приходского священника обучился грамоте и подростком ушел в ближний монастырь. Потом вернулся, женился, сам стал священником в соседней деревне. Узнавшие о его начитанности московские купцы уговорили его переехать в Москву, где он стал священником в одной из небольших церквей.

Смерть троих их детей привела супругов к мысли уйти от мира. Жена стала монахиней одного монастыря, а тридцатилетний Никита под именем Никон принял постриг в скиту на острове близ Соловецкого монастыря. Устав там был строжайший, монашеские кельи находились в версте друг от друга, монахи встречались только по воскресеньям на совместных молитвах, жили на то, что занимались мелким рукоделием, обменивая у рыбаков нехитрые свои изделия на еду. Однако лидерский, беспокойный характер Никона дал о себе знать и в этом существовании на грани голода — обвинив монахов в «сребролюбии» он бежал с острова.

Он пришел в один из самых северных, труднодоступных монастырей, Кожеозерский, что недалеко от Белого моря. Там он наладил добычу и продажу соли и красной рыбы, и через три года монахи попросили поставить Никона своим игуменом. Как было заведено в то время, вновь поставленные главы монастырей ездили в Москву представляться царю. Никон семнадцатилетнему Алексею Михайловичу понравился чрезвычайно, и он попросил патриарха оставить его в столице, назначив архимандритом Новоспасского монастыря.

Здесь, среди церковных деятелей столицы уже начиналось брожение по поводу «нестроения» жизни в Московской патриархии. Вокруг молодого царя постепенно сложился неформальный кружок духовных и светских «ревнителей благочестия», в который вошел и Никон.

«Ревнителей» очень беспокоило, что Церковь не воспитывает население в христианском духе, что главное для нее — чтобы правильно выполнялись обряды, чтобы были исполняемы формальные ритуалы. И первым принципиальным столкновением их с патриархией стал вопрос о единогласии и многогласии во время церковных служб.

Православная литургия, в течение которой прихожанин внутренне должен был соединяться с Богом, если проводить ее по всем правилам, занимала не менее восьми часов. Чтобы сократить время службы, ее разбивали на фрагменты и несколько дьяконов читали молитвы одновременно. Все положенные молитвы формально были прочитываемы, но в этой разноголосице ни о каком «общении с Богом» прихожан не было и речи. «Ревнители» не намерены были терпеть такое положение и открыто выступили против патриарха.

Собор, который был созван для решения этого вопроса окончился великой руганью, но к окончательному решению так и не пришел — остальные священнослужители опасались, что при восьмичасовых службах церкви потеряют свою паству («свечам-де большой расход»). Позицию своего кружка активно отстаивал Никон, который сделал стремительную карьеру — он был уже архиепископом Новгородским (вторая после патриарха церковная должность). У себя в епархии он круто ломал не нравившиеся ему традиции, вызывая ненависть как священников, так и мирян.

После того, как пришло по этому поводу письмо от Константинопольского патриарха, единогласие, наконец, стало церковной нормой: «Во всех же церквах в Московском государстве и по всем городем единогласно на вечериях, и на повечериях, и на полуношницах, и на заутренях псалмы и псалтырь говорить в один голос тихо и неспешно среди церкви на восток лицем со всяким вниманием».

Но когда новые обязательные правила церковных служб довели до сведения (под роспись) низовых священников, те вместе со своей паствой взбунтовались. Пострадал за единогласие протопоп Аввакум («в церкви бьют, да волочат, а иные и вь ризах не щадять»), который вынужден был бежать из своего прихода в Москву. Во множестве приходов принявшихся проводить долгие службы священников избивали до полусмерти, обзывали их «ханжами».

Но тут нашла коса на камень, «ревнители» уже фактически руководили церковной политикой — священников, продолжавших «многогласить», арестовывали и отправляли в ссылки в строгие дальние монастыри. В конце концов, им удалось переломить ситуацию, и церковные службы приняли вид, к которому православные прихожане привыкли и посейчас. Как это отразилось на посещении церквей, осталось неизвестным, ибо последующие события заслонили собой этот первый шаг в попытках приведения Церкви в «божеский вид».

Умирает прежний патриарх и настоятельные рекомендации сделали свое дело — собор выбирает в новые патриархи многими нелюбимого новгородского архиепископа Никона. При вступлении на патриарший престол Никон берет с царя клятву в церковные дела не вмешиваться. Более того, Никон, имевший тогда на Алексея Михайловича огромное влияние, добился присвоения ему титула Великого Государя, что уравнивало его в правах управления с самим царем. Никон был уверен, что после этого сможет продвинуть реформирование Церкви и дальше.

И первый же его шаг на этом пути расколол русскую православную Церковь — в 1653 году Никон объявил, что отныне креститься нужно не двумя сложенными пальцами, а тремя, сложенными в щепоть. Причем, это нововведение прошло вполне в его стиле — решительно, бескомпромиссно, грубо и «с позиции силы»: те, кто отказывается перейти от двуперстия к троеперстию, отлучались от Церкви и объявлялись еретиками.

Форма крещения была приведена к греческому «стандарту», но двоеперстие ведь тоже пришло из того же источника! Во времена начала христианизации Киевской Руси греки крестились двумя перстами, и лишь спустя два-три века у них возобладало троеперстие. Греческие монахи, присылавшиеся патриархами в Москву, кстати, на смене этой русской традиции не настаивали. Священная символика этого жеста от смены пальцев не изменялась. И традиция креститься тремя перстами издавна была в ряде районов страны. Но грубо насильственный, грозный приказ нового патриарха в одночасье перейти к новой форме перекрещивания с анафемой, церковным проклятьем всем несогласным вызвал в стране бурю. Люди жертвовали всем своим достоянием, шли на муки, жизни свои отдавали за право придерживаться своей «старины», сохранить старые книги, в которых упоминается двоеперстие, иконы, на которых святые слагают для крещения два перста…

Однако, несмотря на ярость этих протестов, несмотря на почти всеобщее сочувствие к новым мученикам «за истинную, отеческую веру», в целом население приняло предписанные высшим церковным начальством нововведения — «старообрядцы» так и остались сектой, хоть втайне и уважаемой многими «никонианами», но все-же значительно уступающей общей массе прихожан «официальных» церквей.

А Никон продолжал идти напролом, разрубая давно и туго завязавшиеся церковные проблемы. Он разрешил, наконец, вопрос о единообразии текстов церковных книг. За предыдущие столетия христианские тексты переводились с разных греческих диалектов на разные местные варианты церковного русского языка, и в ту пору, когда книги были рукописными,  разницы в текстах не всегда замечали. Но с появлением типографий на досках, с которых эти книги должны были печататься для всей Церкви, единообразие текстов стало обязательным. При Никоне основная масса христианских текстов была заново переведена на церковнославянский с греческих канонических оригиналов. В результате изменились названия многих богослужебных книг, было устранено разночтение в написании имени Иисуса, несколько изменились и имена святых (которыми называли детей), уточнены молитвенные формулировки и т.д. Это еще более подлило масла в огонь внутрицерковных распрей — старообрядцы до сих пор пользуются текстами, списанными с различных (но, главное, дониконовских!) старинных книг.

Строительная деятельность Никона позволяет говорить о том, что он, изменяя русские церковные каноны в соответствии с греческими образцами, пытался сделать именно Московскую Русь центром мирового православия.

По его повелению на острове Валдайского озера был выстроен монастырь в «афонском» стиле названный так же, как и знаменитый монастырь на Святой горе — Иверский [в центре православного монашества на горе Афон в Греции свой монастырь выстроили грузинские монахи, отчего он и получил свое название (Иверия — Грузия)]. Земли заложенного Никоном Ново-Иерусалимского монастыря под Москвой были перепланированы и названы так же, как и места евангельских рассказов, даже речку Истру переименовали в Иордан, главный же собор монастыря был сооружен по обмерам Храма Гроба Господня в Иерусалиме. Предполагалось, что именно здесь будет резиденция московских патриархов.

Царь патриарха безмерно уважал и почитал, и доверял ему безоговорочно — уезжая с армией, оставлял его главой государственного управления. Но Никон был убежден, что в правящей «связке» Царь/Патриарх первенство всегда должно оставаться за духовной властью. Этого Алексей Михайлович уже допустить не мог, и постепенно в их отношениях пролегла трещина. И когда царский чиновник ударил слугу патриарха, а царь оставил это дело без последствий, Никон «пошел на принцип» — он покинул Москву и уехал в Ново-Иерусалимский монастырь. Очевидно, он ждал, что царь кинется к нему за прощением, но Алексей Михайлович, выдержав характер, из столицы не двинулся.

Дела в то время делались неспешно, и прошло целых восемь лет, пока в столице не собрался Большой Московский церковный собор, который лишил добровольного изгнанника патриаршего сана. Никона отправили под надзор монахов на север — в Ферапонтов, а затем в Кирилло-Белозерский монастыри…

После смерти царя Алексея Михайловича престол перешёл к его сыну Федору, сохранившему к Никону благоговейное отношение. Он приказал вернуть бывшего патриарха из ссылки. Но пятнадцать лет монастырского надзора сломили здоровье Никона — он умер на пути в столицу…